#:lav
d {
  "/local{$GLOBALS["bin"]}/blastz seq1.txt seq2.txt
     A    C    G    T
    91 -114  -31 -123
  -114  100 -125  -31
   -31 -125  100 -114
  -123  -31 -114   91
  O = 400, E = 30, K = 3000, L = 3000, M = 50"
}
#:lav
s {
  "seq1.txt" 1 19388 0 1
  "seq2.txt-" 1 36092 1 1
}
h {
   ">/Sequence/hg16/NIB/chr10.fa.nib:8104990-8124378"
   ">/Sequence/mm4/NIB/chr2.fa.nib:9792211-9828303 (reverse complement)"
}
a {
  s 116428
  b 1 16088
  e 5217 21622
  l 1 16088 44 16131 75
  l 45 16150 69 16174 84
  l 71 16175 99 16203 79
  l 100 16207 140 16247 73
  l 145 16248 236 16339 88
  l 237 16341 276 16380 85
  l 277 16382 301 16406 64
  l 302 16415 318 16431 76
  l 319 16433 375 16489 60
  l 376 16504 393 16521 83
  l 395 16522 407 16534 85
  l 408 16538 438 16568 58
  l 440 16569 455 16584 50
  l 457 16585 468 16596 67
  l 472 16597 506 16631 71
  l 518 16632 521 16635 100
  l 528 16636 540 16648 54
  l 542 16649 550 16657 78
  l 551 16660 587 16696 59
  l 590 16697 622 16729 67
  l 623 16731 633 16741 73
  l 634 16749 646 16761 62
  l 647 16766 663 16782 71
  l 664 16790 670 16796 43
  l 678 16797 721 16840 52
  l 722 16843 739 16860 78
  l 740 16862 755 16877 63
  l 757 16878 788 16909 53
  l 807 16910 809 16912 100
  l 817 16913 883 16979 79
  l 932 16980 937 16985 83
  l 938 16988 956 17006 74
  l 957 17013 1008 17064 58
  l 1018 17065 1038 17085 86
  l 1041 17086 1052 17097 58
  l 1053 17100 1074 17121 82
  l 1076 17122 1089 17135 64
  l 1090 17176 1337 17423 94
  l 1339 17424 1365 17450 63
  l 1366 17456 1374 17464 89
  l 1375 17466 1404 17495 63
  l 1405 17500 1417 17512 62
  l 1418 17518 1499 17599 59
  l 1522 17600 1525 17603 100
  l 1526 17621 1555 17650 77
  l 1556 17652 1566 17662 82
  l 1569 17663 1593 17687 76
  l 1597 17688 1620 17711 63
  l 1622 17712 1637 17727 81
  l 1649 17728 1652 17731 50
  l 1656 17732 1680 17756 60
  l 1681 17760 1756 17835 67
  l 1757 17850 1773 17866 71
  l 1774 17876 1789 17891 69
  l 1790 17893 1802 17905 69
  l 1810 17906 1832 17928 65
  l 1836 17929 1854 17947 68
  l 1856 17948 1920 18012 72
  l 1926 18013 1947 18034 77
  l 1949 18035 1958 18044 80
  l 1960 18045 1975 18060 88
  l 1977 18061 1998 18082 77
  l 2000 18083 2041 18124 76
  l 2088 18125 2089 18126 100
  l 2090 18209 2116 18235 74
  l 2120 18236 2148 18264 59
  l 2149 18269 2151 18271 100
  l 2152 18277 2156 18281 60
  l 2163 18282 2210 18329 73
  l 2211 18334 2217 18340 57
  l 2218 18343 2225 18350 63
  l 2226 18354 2253 18381 61
  l 2254 18387 2256 18389 100
  l 2257 18409 2266 18418 80
  l 2267 18426 2291 18450 60
  l 2292 18453 2336 18497 64
  l 2337 18500 2342 18505 83
  l 2351 18506 2382 18537 75
  l 2386 18538 2453 18605 85
  l 2456 18606 2472 18622 100
  l 2474 18623 2495 18644 86
  l 2496 18647 2520 18671 76
  l 2523 18672 2571 18720 88
  l 2574 18721 2578 18725 80
  l 2582 18726 2595 18739 86
  l 2596 18741 2620 18765 60
  l 2625 18766 2682 18823 72
  l 2684 18824 2693 18833 90
  l 2694 18840 2772 18918 70
  l 2776 18919 2792 18935 94
  l 2793 18940 2813 18960 71
  l 2831 18961 2856 18986 62
  l 2861 18987 2872 18998 75
  l 2873 19005 2877 19009 80
  l 2878 19019 2908 19049 55
  l 2912 19050 2951 19089 53
  l 2960 19090 2963 19093 100
  l 2964 19140 2971 19147 75
  l 2972 19153 2980 19161 67
  l 2981 19164 2984 19167 100
  l 2985 19171 3004 19190 60
  l 3005 19197 3015 19207 73
  l 3019 19208 3035 19224 59
  l 3036 19226 3046 19236 73
  l 3047 19240 3065 19258 79
  l 3080 19259 3085 19264 83
  l 3087 19265 3100 19278 79
  l 3102 19279 3187 19364 56
  l 3188 19366 3229 19407 50
  l 3231 19408 3258 19435 61
  l 3259 19437 3268 19446 60
  l 3269 19448 3274 19453 83
  l 3281 19454 3300 19473 70
  l 3301 19484 3328 19511 75
  l 3329 19513 3339 19523 73
  l 3368 19524 3389 19545 45
  l 3390 19548 3409 19567 60
  l 3410 19574 3424 19588 53
  l 3425 19604 3433 19612 67
  l 3434 19620 3456 19642 57
  l 3457 19650 3468 19661 83
  l 3469 19666 3478 19675 60
  l 3485 19676 3532 19723 67
  l 3534 19724 3626 19816 59
  l 3644 19817 3684 19857 66
  l 3685 19903 3691 19909 86
  l 3692 19994 3716 20018 60
  l 3723 20019 3738 20034 69
  l 3739 20036 3747 20044 78
  l 3750 20045 3807 20102 53
  l 3809 20103 3831 20125 43
  l 3835 20126 3896 20187 68
  l 3897 20193 3903 20199 86
  l 3907 20200 3923 20216 65
  l 3924 20220 3932 20228 78
  l 3945 20229 3950 20234 67
  l 3955 20235 3976 20256 77
  l 3977 20258 4017 20298 63
  l 4025 20299 4029 20303 80
  l 4036 20304 4055 20323 65
  l 4061 20324 4098 20361 87
  l 4099 20363 4120 20384 64
  l 4121 20397 4127 20403 86
  l 4129 20404 4166 20441 71
  l 4170 20442 4207 20479 50
  l 4215 20480 4243 20508 83
  l 4244 20514 4265 20535 50
  l 4266 20545 4281 20560 75
  l 4282 20562 4324 20604 70
  l 4325 20653 4386 20714 71
  l 4387 20718 4405 20736 63
  l 4411 20737 4490 20816 83
  l 4491 20818 4536 20863 70
  l 4537 20865 4543 20871 71
  l 4545 20872 4557 20884 77
  l 4558 20888 4568 20898 73
  l 4569 20901 4577 20909 100
  l 4578 20911 4615 20948 74
  l 4616 20953 4647 20984 66
  l 4653 20985 4677 21009 64
  l 4678 21020 4715 21057 68
  l 4742 21058 4752 21068 64
  l 4758 21069 4769 21080 75
  l 4771 21081 4792 21102 68
  l 4799 21103 4803 21107 60
  l 4804 21112 4826 21134 74
  l 4827 21146 4837 21156 55
  l 4838 21159 4847 21168 70
  l 4848 21192 4859 21203 50
  l 4860 21207 4864 21211 80
  l 4879 21212 4894 21227 56
  l 4895 21304 4901 21310 86
  l 4902 21313 4924 21335 57
  l 4926 21336 5129 21539 89
  l 5132 21540 5146 21554 53
  l 5148 21555 5179 21586 53
  l 5182 21587 5217 21622 75
}
a {
  s 7320
  b 5362 21753
  e 6225 22676
  l 5362 21753 5378 21769 82
  l 5381 21770 5437 21826 68
  l 5438 21828 5469 21859 53
  l 5479 21860 5499 21880 48
  l 5500 21882 5513 21895 79
  l 5514 21897 5564 21947 63
  l 5569 21948 5582 21961 57
  l 5583 21963 5642 22022 60
  l 5643 22150 5660 22167 72
  l 5674 22168 5680 22174 71
  l 5683 22175 5699 22191 41
  l 5704 22192 5716 22204 69
  l 5718 22205 5729 22216 92
  l 5757 22217 5770 22230 71
  l 5775 22231 5799 22255 56
  l 5806 22256 5830 22280 60
  l 5831 22282 5837 22288 86
  l 5838 22290 5843 22295 67
  l 5844 22297 5921 22374 60
  l 5925 22375 5959 22409 66
  l 5960 22420 5972 22432 69
  l 5973 22439 5999 22465 48
  l 6000 22474 6013 22487 43
  l 6014 22490 6035 22511 59
  l 6046 22512 6052 22518 71
  l 6056 22519 6101 22564 61
  l 6104 22565 6127 22588 50
  l 6133 22589 6137 22593 80
  l 6143 22594 6225 22676 67
}
a {
  s 37108
  b 6537 22666
  e 8498 24754
  l 6537 22666 6586 22715 80
  l 6587 22732 6668 22813 73
  l 6671 22814 6679 22822 89
  l 6709 22823 6709 22823 0
  l 6710 22849 6841 22980 87
  l 6851 22981 6924 23054 82
  l 6926 23055 6937 23066 75
  l 6938 23104 6940 23106 33
  l 7001 23107 7035 23141 77
  l 7041 23142 7052 23153 83
  l 7072 23154 7080 23162 100
  l 7104 23163 7105 23164 50
  l 7106 23187 7133 23214 46
  l 7152 23215 7172 23235 57
  l 7175 23236 7252 23313 65
  l 7253 23315 7339 23401 64
  l 7340 23404 7357 23421 72
  l 7358 23423 7383 23448 73
  l 7384 23471 7391 23478 63
  l 7392 23609 7409 23626 56
  l 7441 23627 7446 23632 67
  l 7447 23635 7478 23666 59
  l 7479 23704 7485 23710 86
  l 7486 23763 7503 23780 67
  l 7505 23781 7522 23798 67
  l 7523 23807 7558 23842 86
  l 7559 23844 7582 23867 79
  l 7583 23869 7621 23907 64
  l 7627 23908 7629 23910 67
  l 7641 23911 7647 23917 86
  l 7648 23919 7684 23955 54
  l 7685 23959 7691 23965 71
  l 7693 23966 7724 23997 72
  l 7726 23998 7744 24016 68
  l 7745 24024 7797 24076 51
  l 7798 24079 7831 24112 59
  l 7832 24116 7877 24161 59
  l 7878 24164 7882 24168 80
  l 7883 24170 7887 24174 100
  l 7888 24179 7931 24222 61
  l 7934 24223 7982 24271 67
  l 7983 24273 8015 24305 70
  l 8024 24306 8038 24320 60
  l 8039 24324 8067 24352 86
  l 8068 24354 8204 24490 69
  l 8205 24492 8234 24521 63
  l 8247 24522 8283 24558 68
  l 8285 24559 8309 24583 72
  l 8315 24584 8335 24604 48
  l 8336 24607 8382 24653 60
  l 8384 24654 8435 24705 69
  l 8437 24706 8443 24712 71
  l 8457 24713 8498 24754 71
}
a {
  s 25081
  b 9900 26509
  e 10721 27347
  l 9900 26509 9921 26530 68
  l 9922 26541 9941 26560 65
  l 9942 26563 9956 26577 53
  l 9957 26581 9987 26611 61
  l 9992 26612 10000 26620 78
  l 10001 26626 10050 26675 56
  l 10063 26676 10128 26741 70
  l 10143 26742 10155 26754 77
  l 10158 26755 10189 26786 66
  l 10190 26798 10201 26809 75
  l 10202 26811 10230 26839 41
  l 10235 26840 10258 26863 46
  l 10259 26868 10293 26902 74
  l 10296 26903 10345 26952 88
  l 10352 26953 10371 26972 75
  l 10372 26988 10583 27199 84
  l 10584 27201 10611 27228 68
  l 10612 27234 10633 27255 68
  l 10637 27256 10650 27269 79
  l 10651 27273 10660 27282 50
  l 10661 27288 10691 27318 52
  l 10693 27319 10721 27347 69
}
a {
  s 4128
  b 10413 21323
  e 10567 21481
  l 10413 21323 10444 21354 56
  l 10445 21364 10465 21384 57
  l 10467 21385 10474 21392 88
  l 10479 21393 10567 21481 69
}
a {
  s 8060
  b 11479 28506
  e 12064 28988
  l 11479 28506 11492 28519 79
  l 11496 28520 11525 28549 67
  l 11535 28550 11553 28568 74
  l 11555 28569 11601 28615 64
  l 11603 28616 11645 28658 84
  l 11684 28659 11703 28678 60
  l 11719 28679 11775 28735 61
  l 11780 28736 11794 28750 60
  l 11798 28751 11827 28780 43
  l 11828 28782 11887 28841 62
  l 11889 28842 11913 28866 52
  l 11929 28867 11944 28882 69
  l 11945 28887 11948 28890 100
  l 11949 28893 11971 28915 74
  l 11994 28916 12011 28933 78
  l 12012 28935 12047 28970 58
  l 12048 28972 12064 28988 65
}
a {
  s 22821
  b 12643 29672
  e 13528 30471
  l 12643 29672 12694 29723 63
  l 12697 29724 12728 29755 75
  l 12730 29756 12751 29777 68
  l 12753 29778 12780 29805 68
  l 12781 29807 12836 29862 79
  l 12838 29863 12852 29877 87
  l 12853 29882 12928 29957 80
  l 12929 29959 12974 30004 78
  l 12976 30005 12993 30022 83
  l 12995 30023 13023 30051 72
  l 13025 30052 13065 30092 71
  l 13070 30093 13125 30148 64
  l 13126 30150 13155 30179 80
  l 13157 30180 13174 30197 83
  l 13180 30198 13217 30235 47
  l 13224 30236 13239 30251 63
  l 13240 30254 13265 30279 65
  l 13287 30280 13305 30298 63
  l 13313 30299 13320 30306 75
  l 13322 30307 13334 30319 62
  l 13350 30320 13368 30338 58
  l 13393 30339 13462 30408 64
  l 13465 30409 13504 30448 53
  l 13506 30449 13528 30471 65
}
a {
  s 64210
  b 14204 31054
  e 15761 32759
  l 14204 31054 14232 31082 59
  l 14233 31088 14267 31122 77
  l 14273 31123 14319 31169 51
  l 14321 31170 14329 31178 67
  l 14330 31187 14342 31199 54
  l 14349 31200 14381 31232 58
  l 14382 31234 14391 31243 70
  l 14392 31249 14395 31252 100
  l 14402 31253 14412 31263 64
  l 14420 31264 14467 31311 71
  l 14468 31329 14493 31354 77
  l 14494 31402 14504 31412 73
  l 14507 31413 14519 31425 69
  l 14520 31437 14530 31447 64
  l 14531 31458 14538 31465 63
  l 14539 31475 14583 31519 69
  l 14589 31520 14624 31555 64
  l 14637 31556 14661 31580 56
  l 14662 31582 14676 31596 93
  l 14702 31597 14702 31597 0
  l 14703 31619 15000 31916 92
  l 15001 31925 15025 31949 64
  l 15026 31953 15034 31961 67
  l 15035 31967 15043 31975 89
  l 15045 31976 15068 31999 79
  l 15069 32001 15130 32062 89
  l 15134 32063 15141 32070 100
  l 15142 32073 15311 32242 91
  l 15312 32250 15338 32276 85
  l 15339 32281 15380 32322 86
  l 15381 32325 15402 32346 77
  l 15403 32350 15449 32396 85
  l 15459 32397 15475 32413 100
  l 15476 32528 15476 32528 0
  l 15525 32529 15605 32609 77
  l 15612 32610 15633 32631 59
  l 15635 32632 15696 32693 90
  l 15697 32695 15761 32759 97
}
a {
  s 24236
  b 15928 32955
  e 17211 34375
  l 15928 32955 15968 32995 88
  l 15969 33000 15992 33023 75
  l 15993 33026 16040 33073 81
  l 16041 33075 16118 33152 77
  l 16120 33153 16131 33164 100
  l 16132 33209 16133 33210 100
  l 16178 33211 16247 33280 80
  l 16248 33293 16260 33305 62
  l 16276 33306 16286 33316 73
  l 16288 33317 16302 33331 93
  l 16306 33332 16320 33346 60
  l 16346 33347 16366 33367 71
  l 16368 33368 16411 33411 59
  l 16413 33412 16447 33446 60
  l 16448 33453 16455 33460 75
  l 16456 33466 16471 33481 69
  l 16472 33650 16499 33677 64
  l 16501 33678 16519 33696 53
  l 16525 33697 16543 33715 58
  l 16544 33717 16562 33735 74
  l 16563 33738 16593 33768 61
  l 16599 33769 16604 33774 67
  l 16605 33776 16659 33830 71
  l 16662 33831 16671 33840 80
  l 16675 33841 16687 33853 69
  l 16699 33854 16717 33872 74
  l 16720 33873 16723 33876 100
  l 16727 33877 16744 33894 83
  l 16747 33895 16789 33937 86
  l 16790 33939 16802 33951 54
  l 16805 33952 16816 33963 58
  l 16818 33964 16866 34012 63
  l 16867 34014 16890 34037 42
  l 16891 34042 16898 34049 88
  l 16907 34050 16942 34085 61
  l 16943 34089 17053 34199 66
  l 17054 34207 17070 34223 65
  l 17071 34239 17088 34256 61
  l 17089 34259 17119 34289 65
  l 17120 34292 17135 34307 63
  l 17144 34308 17211 34375 71
}
a {
  s 7425
  b 18029 35930
  e 18201 36089
  l 18029 35930 18070 35971 81
  l 18075 35972 18142 36039 78
  l 18143 36044 18160 36061 78
  l 18174 36062 18201 36089 64
}
x {
  n 0
}
m {
  n 0
}
#:eof